导出结构和下一步计算输入¶

从正常结束的最终 frame 同时生成 XYZ、Gaussian input 和 ORCA input。

Python¶

Python

from pathlib import Path
from molop import AutoParser

batch = AutoParser("water_mp2.out", n_jobs=1)
selected = batch.filter_state("normal")

for directory in ("xyz", "gjf", "orca"):
    Path(directory).mkdir(exist_ok=True)

selected.format_transform(
    "xyz", output_dir="xyz", write_to_disk=True
)
selected.format_transform(
    "gjf",
    output_dir="gjf",
    write_to_disk=True,
    route_section="#p B3LYP/6-31G(d) opt",
)
selected.format_transform(
    "orcainp",
    output_dir="orca",
    write_to_disk=True,
    keywords="B3LYP def2-SVP Opt",
)

输出¶

生成文件

Text Only

xyz/
  water_mp2.xyz
gjf/
  water_mp2.gjf
orca/
  water_mp2.inp

每个源文件按主名生成一个最终 frame 文件。处理一批文件时，将 water_mp2.out 替换为路径或 glob。提交计算前检查 route/keywords、资源、charge、multiplicity 和溶剂设置；转换不会替你决定科研参数。

CLI 导出 XYZ¶

Bash

molop -q parse "results/*" \
  filter-state --state normal \
  format-transform --format xyz --output-dir xyz

生成文件

Text Only

xyz/<source stem>.xyz

Gaussian/ORCA writer 的动态选项较多，批量科研工作流通常用 Python 明确传参更易审计。