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Source evidence 与序列化

把 MolOP 的文件级 metadata、frame 结果和 source evidence 导出给数据库或审计系统。普通分析使用 AutoParser、to_summary_df 或 frame 字段；需要跨系统保存解析事实时再使用本页接口。

导出 payload

Python
from molop import AutoParser

chem_file = AutoParser(
    "water_mp2.out",
    capture_source_evidence=True,
    release_file_content=True,
    n_jobs=1,
)[0]
file_payload = chem_file.to_unitless_dump_with_unit_keys(exclude_none=True)
frame_payloads = [
    frame.to_unitless_dump_with_unit_keys(exclude_none=True)
    for frame in chem_file
]

print(file_payload["schema_version"], file_payload["source_format"])
print(len(frame_payloads), frame_payloads[0]["file_frame_index"])
真实输出
Text Only
molop-calculation-export-v1 orcaout
1 0

文件 payload 和 frame payload 分开保存。文件 payload 负责来源与文件级 metadata；frame payload 负责坐标、拓扑、科学结果和 frame 级 source locator。

数值与单位

to_unitless_dump_with_unit_keys() 将 Pint quantity 转为 magnitude，并把规范单位写入 key，例如 Energy.total_energy.hartree 或 coords (angstrom)。数组默认序列化为 list；数据库使用数值 sidecar 时传入 array_mode="ndarray"。

对象 用途 稳定字段
文件 payload 文件 identity、来源、parser provenance schema_version、source_format、parser_provenance
frame payload 结构和计算结果 file_frame_index、source_span、parse_presence
source evidence 回溯原文位置和摘要 source_segments、source_block_sha256

索引与边界

  • 用 file_frame_index 表示源文件中的稳定 frame 顺序。
  • frame_id 属于当前保留的 frame 集合；筛选或重排后不应作为全局 identity。
  • capture_source_evidence=True 才会请求额外的 source locator 和 parser provenance。
  • 捕获 source evidence 不会读取 frame.rdmol，也不会重建分子图；拓扑保持惰性，直到分子图相关操作 显式请求时才会重建。
  • MolOP 提供解析事实，不负责数据库 identity、payload 校验、数组编码、artifact 校验或 admission/QC。

详细的 source span 和 parser lifecycle 规则见完整 Parser 契约。

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