CLI 常用任务¶

以下命令面向已经安装 MolOP 的用户，均从 molop parse PATTERN 开始。

汇总最后一帧¶

Bash

molop -q parse "results/*.log" \
  to-summary-df --full --out summary.csv

结果：当前目录生成 summary.csv，每个成功解析文件一行，列名类似 Status.IsNormal 和 Energy.total_energy.hartree。

对随文档提供的 water_mp2.out 样例，终端提示：

终端输出

Text Only

Summary written to summary.csv

生成文件：

Text Only

summary.csv

汇总全部 frame¶

Bash

molop -q parse "results/*.log" \
  to-summary-df --frame all --full --out trajectory.csv

结果：trajectory.csv 中每个 frame 一行，General.FrameID 标识 frame。

生成文件

Text Only

trajectory.csv

只保留正常优化结果¶

Bash

molop -q parse "results/*.log" \
  filter-state --state normal \
  filter-state --state opt \
  to-summary-df --full --out optimized.csv

结果：optimized.csv 只包含两个筛选都通过的文件。

生成文件

Text Only

optimized.csv

选择 ORCA 输出¶

Bash

molop -q parse "results/*" \
  filter-by-codec --codec-id orcaout \
  to-summary-df --out orca.csv

filter-by-codec 使用实际 reader ID，不依赖扩展名字符串。

生成文件

Text Only

orca.csv

导出最终 XYZ¶

Bash

molop -q parse "results/*.out" \
  filter-state --state normal \
  format-transform --format xyz --output-dir structures

结果：structures/ 下按源文件主名生成 .xyz 文件。输出目录不存在时 CLI 会创建。

生成文件

Text Only

structures/
  water_mp2.xyz

预览而不写盘¶

Bash

molop -q parse "water_mp2.out" \
  format-transform --format xyz --no-write

终端输出包含源路径和渲染后的 XYZ 文本；不会生成 .xyz 文件。

共享样例的渲染内容为：

渲染后的 XYZ

Text Only

3
comment charge 0 multiplicity 1
O               1.7849140000      1.2624220000      0.5119850000
H               2.6482370000      1.0729290000      0.1316310000
H               1.1831680000      1.2568160000     -0.2388350000

输出 JSON¶

Bash

molop -q parse "water_mp2.out" --output-format json \
  filter-state --state normal \
  sample --n 1 --seed 1

输出是路径数组。路径为运行环境生成的绝对路径，前缀不会固定；下面只展示路径结构：

JSON 输出结构

JSON

[
  "<absolute-path-to-working-directory>/water_mp2.out"
]

规则¶

操作按书写顺序执行。
filter-state、filter-value、filter-by-codec 和 sample 可继续链接。
to-summary-df、format-transform、copy-to、move-to、groupby 和 draw-grid-image 是最终操作，之后不能再接业务操作。
使用 molop parse --help 查看操作列表，使用具体操作的 --help 查看参数。

完整约束见 CLI 命令参考。