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格式转换与导出

把选定 frame 渲染为文本，或批量写成结构文件和下一步计算输入。

先预览，不写盘

Python
from molop import AutoParser

batch = AutoParser("water_mp2.out", n_jobs=1)
rendered = batch.format_transform("xyz", frame=-1, write_to_disk=False)
print(rendered[batch[0].file_path])
输出
Text Only
3
comment charge 0 multiplicity 1
O               1.7849140000      1.2624220000      0.5119850000
H               2.6482370000      1.0729290000      0.1316310000
H               1.1831680000      1.2568160000     -0.2388350000

返回值是 {源文件绝对路径: 渲染结果}。write_to_disk=False 时不会创建文件。

批量写盘

Python
from pathlib import Path

Path("structures").mkdir(exist_ok=True)
batch.format_transform(
    "xyz",
    output_dir="structures",
    frame=-1,
    write_to_disk=True,
)
生成文件
Text Only
structures/
  water_mp2.xyz

output_dir 必须已经存在。输出名称保留文件主名并替换最后一个后缀。

选择 frame

Python
final_only = batch.format_transform("xyz", frame=-1)
all_in_one = batch.format_transform("xyz", frame="all", embed_in_one_file=True)
one_per_frame = batch.format_transform("xyz", frame="all", embed_in_one_file=False)
print(len(final_only), len(all_in_one), len(one_per_frame))
输出
Text Only
1 1 1

embed_in_one_file=False 返回字符串列表；写盘时生成带 frame 标识的多个文件，具体命名由 writer 决定。

可用目标

格式 ID 典型用途 主要信息层级
xyz 坐标交换、可视化 元素、坐标、电荷/多重度注释
sdf 分子图和属性交换 原子、键、坐标
smi SMILES 数据集 分子图，不保留 3D 坐标
gjf Gaussian 下一步输入 坐标、charge/multiplicity、route/link0
orcainp ORCA 下一步输入 坐标、关键词、资源和 %block
cml XML 化学结构交换 分子图和坐标
fakeg Gaussian-like 文本 用于兼容性展示，不是 Gaussian 原始输出

精确 reader/writer 状态见格式支持概览。

生成下一步输入

Python
from pathlib import Path

Path("gaussian_inputs").mkdir(exist_ok=True)
batch.format_transform(
    "gjf",
    output_dir="gaussian_inputs",
    write_to_disk=True,
    route_section="#p B3LYP/6-31G(d) opt",
    link0_commands={"nprocshared": "8"},
)
Python
Path("orca_inputs").mkdir(exist_ok=True)
batch.format_transform(
    "orcainp",
    output_dir="orca_inputs",
    write_to_disk=True,
    keywords="B3LYP def2-SVP Opt",
    maxcore=2000,
)
print("gaussian_inputs/water_mp2.gjf")
print("orca_inputs/water_mp2.inp")
生成文件
Text Only
gaussian_inputs/water_mp2.gjf
orca_inputs/water_mp2.inp

writer 特定参数会随格式变化；CLI 可通过补全或格式页面查看。

CLI

Bash
mkdir -p structures
molop -q parse "results/*.out" \
  format-transform --format xyz --output-dir structures --frame -1
生成文件
Text Only
structures/water_mp2.xyz

信息边界

XYZ 和 SMILES 无法承载完整能量、热化学、振动或 NMR 容器。SDF 可嵌入部分逐原子 QM 属性， 但普通 format_transform("sdf") 不等于无损序列化全部计算结果。需要完整数据交换时使用模型 序列化契约，而不是结构格式。

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