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CLI 初体验

不编写 Python 脚本，直接汇总、筛选和转换一批文件。

查看命令

Bash
molop --help
molop parse --help
帮助摘要
Text Only
Usage: molop [OPTIONS] COMMAND [ARGS]...
Commands: completion, parse
Usage: molop parse [OPTIONS] PATTERN COMMAND1 [ARGS]...
Commands: copy-to, draw-grid-image, filter-by-codec, filter-state,
          filter-value, format-transform, groupby, move-to, sample,
          to-summary-df

所有业务操作都从 molop parse PATTERN 开始。PATTERN 可以是单个路径或 shell glob；一条命令 需要覆盖多组输入时，可重复添加 --input PATH_OR_GLOB。

导出摘要 CSV

Bash
molop -q parse "results/*.out" \
  to-summary-df --full --out summary.csv

默认只汇总每个文件的最后一帧。加入 --frame all 可导出全部 frame。

对随文档提供的样例：

Bash
molop -q parse "water_mp2.out" --n-jobs 1 \
  to-summary-df --full --out summary.csv
输出
Text Only
Summary written to summary.csv

先筛选再导出

Bash
molop -q parse "results/*.log" \
  filter-state --state normal \
  filter-state --state opt \
  to-summary-df --full --out optimized.csv

操作从左到右执行。filter-state 保留 batch 状态，可继续连接下一个筛选或一个最终输出操作。

生成文件
Text Only
optimized.csv

导出最终结构

Bash
mkdir -p structures
molop -q parse "results/*.out" \
  filter-state --state normal \
  format-transform --format xyz --output-dir structures

指定 --output-dir 时会创建目录并写盘。要在终端预览而不写文件，使用 --no-write。

对 water_mp2.out，输出目录包含：

生成文件
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structures/water_mp2.xyz

处理扩展名歧义

Bash
molop parse "results/*.out" --parser-detection orcaout \
  to-summary-df --out summary.csv
生成文件
Text Only
summary.csv

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