SDF/MOL¶
| 项目 | 值 |
|---|---|
| 格式 ID | sdf |
| 扩展名 | .sdf, .sd, .mol |
| 读取 | 是 |
| 写入 | 是 |
| Registry 角色 | Reader、文件 writer、帧 writer |
| 数据层级 | 读取为坐标；写出要求 graph |
基于 RDKit graph 提取和 strict graph writer 语义的 SDF/MOL 结构读写。
Python
from molop import AutoParser
frame = AutoParser("molecule.sdf")[0][0]
print(frame.rdmol.GetNumAtoms(), frame.rdmol.GetNumBonds())
输出
输出原子数和键数，例如水分子为 3 2。
任意 SD data field 不保证无损 round-trip。
| 特性 | 支持程度 | 支持范围 | 明确边界 |
|---|---|---|---|
| Reader | 已支持 | SDF/MOL block 解析为原子、坐标、键、形式电荷、自由基、总电荷和自旋多重度字段。 | 测试契约不声明任意 SD data field 的 round-trip。 |
| Writer graph policy | 已支持 | SDF 文件/帧 writer 要求 graph-capable 输入，默认 strict graph 语义，并支持 RDKit/OpenBabel 渲染后端。 | 当不存在 coords-only SDF writer 时，coords-only override 会被拒绝。 |
| Registry conversion | 已支持 | 已解析结构可以通过 codec registry 转换为 SDF。 | 转换质量取决于已恢复或已转换的 graph 数据。 |