MolOP¶

MolOP 是面向计算化学文件的 Python 库和命令行工具。它读取已有的 Gaussian、ORCA、xTB 和结构文件，自动识别格式，并统一整理为 batch -> file -> frame 对象模型。

MolOP 不运行量子化学计算；它负责读取计算结果、批量筛选与汇总、结构转换和后续自动化处理。

数据流概览¶

flowchart TB
    subgraph inputs["不同来源与文件格式"]
        direction TB
        qm["量化软件输出<br/>Gaussian / ORCA / xTB / ..."]
        qminput["量化计算输入<br/>GJF / ORCA input / ..."]
        structure["结构文件<br/>XYZ / SDF / SMILES / ..."]
        future["后续新增格式<br/>注册新的 reader"]
    end

    parser["MolOP AutoParser<br/>根据文件内容自动选择 reader"]
    batch["FileBatchModelDisk<br/>batch -> file -> frame<br/>统一科学结果容器"]

    subgraph tasks["统一的下游处理"]
        direction TB
        results["读取能量、振动、轨道等结果"]
        summary["完整表格汇总与批量筛选"]
        export["结构和输入文件转换与导出"]
        workflow["自定义分析与自动化流程"]
    end

    qm --> parser
    qminput --> parser
    structure --> parser
    future --> parser
    parser --> batch
    batch --> results
    batch --> summary
    batch --> export
    batch --> workflow

第一次使用

安装并完成一个可运行示例。

安装与验证
使用 Python

读取结果、汇总表格和导出结构。

5 分钟上手
使用 CLI

用一条命令串联解析、筛选和导出。

CLI 初体验
查找精确说明

查询格式、字段、配置和 API 成员。

参考

最短可运行流程¶

Python

from molop import AutoParser

batch = AutoParser("water_mp2.out", n_jobs=1)
frame = batch[0][-1]

print(batch[0].detected_format_id)
print(frame.energies.total_energy.m_as("hartree"))

输出

Text Only

orcaout
-74.999374598107

输入样例见 ORCA 水分子文件。解析结果通过统一字段访问，字段缺失时保留为 None，不会用推测值补齐源文件没有提供的科学结果。

按任务进入¶

目标	推荐入口
读取单个文件或一批文件	解析文件
读取能量、热化学、振动、轨道或 NMR	读取计算结果
生成 CSV/JSON 汇总表	批量汇总
筛选正常结束、优化结果或过渡态	过滤与选择
导出 XYZ、SDF、Gaussian 或 ORCA 输入	格式转换与导出
从坐标恢复金属配合物分子图	结构恢复
排查格式、路径或原生库问题	常见问题
调整日志、并行度和结构恢复策略	配置

支持范围¶

当前提供 Gaussian log/fchk/input、ORCA output/input、xTB output、XYZ、SDF/MOL、SMILES 和 CML 相关 reader 或 writer。具体字段、目标格式和信息边界以格式支持概览为准。

核心数据模型¶

Text Only

输入路径或 glob -> AutoParser -> batch -> file -> frame
                                      |       |
                                  批量操作   单次结构与结果

需要理解对象层级、frame 选择和惰性结构恢复时，阅读核心概念。

下一步¶

从安装与验证开始；已有输入文件时直接阅读5 分钟上手。