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CML Writer

项目 值
格式 ID cml
扩展名 .cml
读取 否
写入 是
Registry 角色 文件 writer、帧 writer
数据层级 Graph

Chemical Markup Language writer,基于 RDKit 或 OpenBabel 分子渲染。

下载共享 ORCA 样例后运行:

Python
from molop import AutoParser

frame = AutoParser("water_mp2.out", n_jobs=1)[0][-1]
cml_text = frame.format_transform("cml")
print(cml_text.splitlines()[0])
输出
Text Only
<?xml version="1.0" encoding="utf-8"?>

当前没有 CML reader。

特性 支持程度 支持范围 明确边界
File and frame writer 已支持 选定帧文件渲染、负数 frame index 选择、选定帧拆分为独立 block,以及通过 registry 渲染单帧。 没有注册 CML reader。
Rendering engines and validation 已支持 默认 RDKit 后端渲染、OpenBabel 后端渲染、无 frames 文件模型校验,以及不支持 engine 的诊断。 要求能够恢复 RDKit 或 OpenBabel 分子;不覆盖任意 XML/CML 源文本保留。