SMILES

项目	值
格式 ID	smi
扩展名	.smi, .txt
读取	是
写入	是
Registry 角色	Reader、文件 writer、帧 writer
数据层级	读取为坐标；写出要求 graph

SMILES 记录读写，支持 graph 派生的电荷/自旋多重度和 canonical SMILES 写出。

Python

from molop import AutoParser

frame = AutoParser("molecules.smi")[0][0]
print(frame.to_canonical_SMILES(), frame.coords.shape)

输出

输入 CCO ethanol 时输出类似 CCO (3, 3)。

行尾名称不属于解析契约，三维坐标不会保留。

特性	支持程度	支持范围	明确边界
Reader	已支持	非空 SMILES 记录；每行第一个空白分隔 token；由 RDKit 派生 2D 坐标、graph、形式电荷/自由基、电荷和自旋多重度。	行尾名称或额外列不属于已声明解析数据契约；输入 3D 坐标无法保留。
Writer graph policy	已支持	使用 strict graph 语义写出 canonical graph-derived SMILES。	Coords-only 渲染不是默认 writer 契约。
Registry conversion	已支持	Gaussian 输出结构可以通过 registry 转换为 SMILES。	转换取决于成功的 graph 恢复或转换。