跳转至

Python API 初体验

掌握 MolOP 用户代码中最常用的 batch -> file -> frame 访问方式。

解析单个文件

Python
from molop import AutoParser

batch = AutoParser("water_mp2.out", n_jobs=1)
parsed_file = batch[0]
final_frame = parsed_file[-1]

len(batch) 是成功加入 batch 的文件数，len(parsed_file) 是该文件的 frame 数。 对共享 water_mp2.out，继续运行：

Python
print(len(batch), len(parsed_file), parsed_file.detected_format_id)
print(len(final_frame.atoms), final_frame.coords.shape)
输出
Text Only
1 1 orcaout
3 (3, 3)

解析多个输入

Python
batch = AutoParser([
    "water_mp2.out",
    "reactants/*.log",
    "products/product.out",
    "structures/*.xyz",
])

for parsed_file in batch:
    frame = parsed_file[-1]
    print(parsed_file.filename, frame.charge, frame.multiplicity)

每个成功解析文件输出一行。对共享水分子样例，循环输出：

输出
Text Only
water_mp2.out 0 1

路径、glob 和路径列表可以混用。结果按绝对路径稳定排序，重复路径只解析一次。

检查可选结果

不同计算类型提供的字段不同，读取前检查容器是否存在：

Python
frame = AutoParser("water_mp2.out", n_jobs=1)[0][-1]

if frame.energies and frame.energies.total_energy is not None:
    print(frame.energies.total_energy.m_as("hartree"))

if frame.vibrations:
    print(frame.vibrations.num_imaginary)

if frame.charge_spin_populations:
    names = frame.charge_spin_populations.population_names
    print(names)

共享 MP2 样例的输出为：

输出
Text Only
-74.999374598107
['mulliken_charges', 'lowdin_charges']

它没有频率区段，因此频率分支不输出内容。布居方案是可选的，但该样例确实包含两种布居； 这正是读取可选容器前需要检查的原因。

MolOP 的数值通常带 Pint 单位。使用 .m_as("目标单位") 取得指定单位下的数值。

生成表格

Python
batch = AutoParser("water_mp2.out", n_jobs=1)
df = batch.to_summary_df(
    frame=-1,
    brief=False,
    flatten_columns=True,
)
print(df[["Status.IsNormal", "Energy.total_energy.hartree"]])
df.to_csv("summary.csv", index=False)

使用 frame="all" 汇总每个文件的全部 frame；默认 frame=-1 只取最后一帧。

共享样例的选中列为：

输出
Text Only
   Status.IsNormal  Energy.total_energy.hartree
0             True                    -74.999375

下一步