格式转换与信息保留

format_transform 方法（可在 FileBatchModelDisk 和单个文件对象上使用）允许在不同的化学文件格式之间进行转换。

核心行为

• 帧选择：默认情况下，仅转换最后一帧 (frameID=-1)。您可以指定 frameID="all" 来转换文件中的所有帧。
• 合并输出：如果 embed_in_one_file=True（默认），多个帧将合并到一个输出文件中（如果格式支持，如 SDF 或多帧 XYZ）。
• 结构层级：
• COORDS (坐标级)：xyz、gjf 和 orcainp 等格式主要保留原子坐标和元素信息。
• GRAPH (图级)：sdf、smi 和 cml 等格式保留成键信息（分子图）。如果源文件仅包含坐标（例如 .log 文件），MolOP 将自动尝试使用其内置算法重建分子图。
• 元数据保留：
• QM 输入格式 (gjf, orcainp) 尝试保留原始指令和关键字。
• 转换为简单的坐标格式（如 XYZ）时，计算属性（能量、频率）通常不会保留，尽管某些格式（如 SDF）可以将其作为属性存储。