MolOP (Molecule OPerator)

MolOP 是一个专为计算化学工作流设计的 Python 3.10+ 库和命令行工具。它旨在连接原始计算输出与结构化的、可供分析的分子数据。

什么是 MolOP？

• 统一解析器：通过单一接口 (AutoParser) 读取 Gaussian log、GJF、XYZ、SDF 等多种格式。
• 结构恢复：先进的分子图重建算法，能够从坐标中恢复键合信息，对自由基和金属配合物有卓越支持。
• 数据建模：基于 Pydantic 的模型，提供对能量、振动、轨道和布居分析等数据的类型安全访问。
• 批处理器：支持数千个文件的并行处理，内置灵活的过滤和格式转换功能。

适用场景

• 需要从数百个 Gaussian log 文件中提取热力学数据或分子性质。
• 需要在不同化学文件格式之间转换，同时希望保留或恢复化学键信息。
• 正在构建机器学习流水线，需要从量子化学输出中可靠地提取分子特征。
• 倾向于使用“链式”命令行工具快速检查和处理数据，而无需编写 Python 脚本。

非目标

• 量子化学求解器：MolOP 不执行量子化学计算，它只解析和处理计算结果。
• 可视化工具：虽然集成了 RDKit，但它不是专门的分子查看器。
• 力场引擎：它并非为运行分子动力学模拟而设计。

开始使用

• 安装指南
• 快速上手
• 命令行界面

引用

如果 MolOP 对您的研究有所帮助，请引用：

MolOP (Molecule OPerator), https://github.com/gentle1999/MolOP